বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশনের (ইউজিসি) নির্দেশনা এবং বাজেট বরাদ্দের সাথে সামঞ্জস্য রেখে ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ে বড় ধরনের কর্মী ছাঁটাইয়ের ঘটনা ঘটেছে। প্রতিষ্ঠানটির প্রশাসন থেকে ২৬৮ জন দৈনিক মজুরিভিত্তিক ও থোক পদ্ধতির কর্মচারীকে চাকরি থেকে অব্যাহতি দেওয়া হয়েছে।সংশ্লিষ্ট সূত্রে জানা যায়, ইউজিসির নির্দিষ্ট নির্দেশনা এবং আর্থিক বরাদ্দ সীমাবদ্ধ থাকার কারণে কর্তৃপক্ষ এই কর্মচারীদের বাদ দেওয়ার সিদ্ধান্ত গ্রহণ করে। এর ফলে বিশ্ববিদ্যালয়টির বিভিন্ন দপ্তরে কর্মরত এই বিপুলসংখ্যক থোক ও ডেইলি লেবার প্রকৃতির কর্মীরা তাদের কর্মসংস্থান হারালেন।